武汉病毒所与复旦两篇论文: 新冠病毒SARS高度相通
      发布时间:2020-02-08 06:27      作者:admin      点击:

来源:知社学术圈

传染病:分析中国新式冠状病毒

《自然》在线发外的一篇论文对近来在中国引发呼吸编制疾病爆发的一栽新式冠状病毒进走了判定和外征,展现了其与主要急性呼吸综相符征(SARS)冠状病毒的相通性。这篇分析文章发现了新式冠状病毒来源于蝙蝠的证据,但是此次爆发的动物来源尚待确认。

石正丽及其同事分析了7例重症肺热患者的样本,其中6人造武汉海鲜市场内的工人,该海鲜市场在2019年12月已始次发现病例。钻研者发现在其中5名病人身上获取的全长度基因组序列彼此之间几乎十足一致(相通度超过99.9%),与SARS冠状病毒有79.5%的序列一致。此外,钻研人员发现该病毒序列与一栽蝙蝠冠状病毒在全基因组程度上相通度高达96%,外明蝙蝠能够是该冠状病毒的来源。

Fig。 1 | Genome characterization of 2019-nCoV。 a, pie chart showing metagenomics analysis of next-generation sequencing of bronchoalveolar lavage fluid from patient ICU06。 b, Genomic organization of 2019-nCoV WIV04。 c, Similarity plot based on the full-length genome sequence of 2019-nCoV WIV04。 Full-length genome sequences of SARS-CoV BJ01, bat SARSr-CoV WIV1,bat coronavirus RaTG13 and ZC45 were used as reference sequences.d, Phylogenetic tree based on nucleotide sequences of complete genomes ofcoronaviruses。 Software used and settings can be found in material and   method section。

钻研人员发现七个被判定和测序出的非组织性蛋白也存在于SARS冠状病毒中,外明该病毒是一栽与SARS有关的冠状病毒,作者一时将其命名为新式冠状病毒2019(2019-nCoV)。他们确认了2019-nCoV进入细胞的路径与SARS冠状病毒相通,即议决ACE2细胞受体。从感染2019-nCoV的病人体内分理出的抗体表现出在矮血清稀释度下中和病毒的潜力,但是抗SARS病毒抗体是否能与2019-CoV交叉逆答,仍需用从SARS病毒感染中痊愈的病人的血清来确认。

作者开发出了一栽能够将2019-nCoV与其他一切人类冠状病毒区睁开的测试,图片中心并展现在最初的口腔拭子样本中检测到了2019-nCoV,但随后(大约十天后)采集的样本异国表现阳性病毒效果。这项发现外明,最有能够的病毒传播途径是议决个体的呼吸道,不过作者也指出其他途径亦不无能够,仍需更众患者数据来进一步钻研传播途径。

撑持该钻研发现的测序数据可在GISAID中找到,登记号为EPI_ISL_402124、EPI_ISL_402127-402130以及EPI_ISL_402131。*

论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7

传染病:中国新式冠状病毒的基因组序列

《自然》杂志今天发外了与中国呼吸道疾病爆发有关的病毒的基因组序列,该病毒基因组从就职于展现始批患者的海鲜市场的别名病人身上获得。基因组分析表现,该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒亲昵有关。

张永振及同事钻研了别名41岁的男性海鲜市场工人,其于2019年12月26日在武汉一家医院入院,外现出呼吸编制疾病症状,包括发烧、胸闷和咳嗽。说相符操纵抗生素、抗病毒药和糖皮质激素进走治疗,但患者外现出呼吸枯竭,治疗三天后病情无改善。

Fig。 1 | Genome organization of SARS and SARS-like CoVs including Tor2, CoVZC45 and WHCV determined here。

作者对从患者搜集的支气管肺泡灌洗液(肺排泄物)进走了基因组测序。他们判定出了一栽新式病毒,并发现该病毒基因组与蝙蝠体内发现的SARS样冠状病毒有89.1%的核苷酸相通性。尽管从单个患者的分析中不能够得出该冠状病毒是现在疫情爆发因为的结论,不过作者的这些发现已被针对其他患者的自力调查钻研证实。

该钻研得到的序列可在NCBI的SRA数据库中找到(BioProject登记号为PRJNA603194)。病毒完善基因组已存入GenBank,登记号为MN908947。*

 
 

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